「俺は高校生探偵・工藤新一。
幼馴染で同級生の毛利蘭と遊園地に遊びに行って、
黒ずくめの男の怪しげな取引現場を目撃した。
取引を見るのに夢中になっていた俺は、
背後から近づいてきたもう１人の仲間に気付かなかった。
俺はその男に毒薬を飲まされ、目が覚めたら・・・
体がムキムキにされてしまっていた。
『工藤新一が生きていると奴らにばれたら、
また命を狙われ、周りの人間にも危害が及ぶ』
阿笠博士の助言で正体を隠すことにした俺は、
蘭に名前を聞かれて、とっさに『コナン・ザ・グレート』と名乗り、
奴らの情報をつかむために、父親が探偵をやっている蘭の家に転がり込んだ。